La muestra óptima para aislamiento de hongos es el tejido, evitando el uso de aplicadores, a menos de que el tejido adecuado no sea disponible. Los hongos más frecuentemente aislados son el Histoplasma capsulatum, Blastomices dermatitidis y Coccidioides immitis. La Cándida sp es comúnmente un patógeno oportunista en pacientes inmunocomprometidos (pacientes trasplantados y pacientes con SIDA). En pacientes con SIDA, las biopsias de medula están asociadas con infección por Cándida, Aspergillus, Mucor, Rhizopus, Trichosporo y Fusarium sp. Los defectos en las células-T y /o en las células mediadoras de inmunidad están asociadas con infección por Cándida, Cryptococccus neoformans, Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis y Aspergillus sp. Las lesiones de piel están asociadas con infecciones por Cándida y Rhodotorula sp. La alteración de la barrera natural del tracto gastrointestinal y respiratorio por quimioterapia citotóxica, predispone a infecciones por Cándida sp. La prueba es de utilidad para confirmar diagnóstico de micosis diseminada o profunda en pacientes inmunocomprometidos.

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